به گزارش "پایگاه اطلاع رسانی سازمان بسیج پیشکسوتان جهاد و شهادت" به نقل از پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ رهبران نهضت اسلامی علاوه بر روابط دیرینه و صمیمی که با یکدیگر داشتند، ارتباط تشکیلاتی آن‌ها در دوران مبارزه بر نزدیکی اندیشه و افکار آن‌ها تأثیر بسزایی داشت. از جمله این افراد ارتباط شهید بهشتی با آیت‌الله سید علی خامنه‌ای در مشهد بود که در طول دوران نهضت امام خمینی استمرار داشت، بطوری که این مسئله مورد توجه مأموران امنیتی رژیم پهلوی نیز قرار گرفت. 

در یکی از این اسناد که متعلق به سال 1352 است گزارشگر ساواک با اشاره به سفر شهید بهشتی به مشهد در گزارشی درباره دیدگاه شهید بهشتی نسبت به آیت‌الله خامنه‌ای می‌نویسد:

« یادشده ضمن تعریف و تمجید از خامنه‌ای اظهار امیدواری نموده که در آینده خامنه‌ای یکی از علماء موجه ملی و بانفوذ خواهد شد. ضمناً نامبرده روز 52/5/16 با اتوموبیل شخصی به اتفاق خانواده‌اش مشهد را به قصد تهران ترک کرده است.

نظریه شنبه - دکتر سید محمد بهشتی در مشهد با سید علی خامنه‌ای رابطه بسیار نزدیک داشت و از افکار او بسیار تمجید و تحسین می‌کرد.»